グリーン車SuicaシステムはTOICAでも利用できます。
しかし、Suicaエリア外にまたがって利用する場合は事前に改札外で磁気グリーン券を購入しなければなりません。

また、2011年3月5日より、JR九州のSUGOCAとも乗車券・電子マネーの相互利用を開始しています。ただし、筑肥線・唐津線の姪浜駅 - 西唐津駅間は対象外となるっています。

SUGOCAと同じ日にJR西日本のICOCAも相互利用が開始となっています。

さらに、2012年春を目途に、名古屋鉄道・名鉄バス・名古屋市交通局・名古屋臨海高速鉄道・名古屋ガイドウェイバス・豊橋鉄道が導入しているmanacaとの相互利用を実施することも予定されています。
manacaとは乗車券機能の相互利用とIC連絡定期券の発行も予定されています。
そして、2013年春を目途に、電子マネー機能の相互利用も予定されています。