SUGOCAも他の交通系IC乗車券・電子マネー同様に、利用金額に応じてポイントが付与されます。

●JR九州の在来線普通列車・快速列車をSUGOCAで直接利用した場合、自動改札機で引き去った運賃の1%分のポイント（100円につき1ポイント）が付与されます。

●SUGOCAエリア内での着となる自由席特急券を、SUGOCA対応券売機にてSUGOCA決済で購入した場合、特急料金の5%分のポイント（20円につき1ポイント）が付与されます。5%還元は非常に高い還元率です。

●唐津線・筑肥線と福岡市地下鉄をSUGOCAで直通利用した場合には、福岡市地下鉄の乗車区間にかかわらず、JR線運賃分のSUGOCAポイントと別に10ポイントが付与されます。

●加盟店等でのショッピング等の決済にSUGOCAを利用した場合、おおむね支払金額の0.5%のポイント（200円につき1ポイント）が付与されます。

SUGOCAカードに貯まったポイントは、JR九州各駅に設置されたSUGOCA発売・ポイントチャージ機能付自動券売機でポイント残高を確認できます。
また、100ポイント以上100円単位でポイントをSUGOCAへチャージして利用することができます。